如果两种限制性内切核酸酶的作用条件不同，要进行双酶切，需要注意以下措施：

1.确定适合两种酶的缓冲液：不同的酶所需的缓冲液成分和pH值可能不同。因此，需要确定一个适合两种酶的缓冲液，以确保两种酶都能正常工作。

2.决定酶的先后顺序：如果两种酶的识别序列有重叠部分，就需要选择先用哪种酶进行切割。如果先用第一种酶切，可能会影响第二种酶切的结果。因此，需要确定先用哪种酶切割，以最大程度保证切割的准确性。

3.考虑反应条件的最佳参数：由于两种酶需要在同一个反应体系中工作，因此需要找到一个适合两种酶的最佳反应条件，包括反应时间、反应温度等。在反应过程中，还应不断监测反应的进展情况，以保证反应成功。

需要采取以上措施，因为不同的限制性内切核酸酶在切割DNA时的识别序列和条件不，使用不当可能会导致切割不准确或者根本无法切割。采取以上措施可以最大程度地保证双酶切的准确性和成功率。