如果对方开给您的汽车运输发票上的物流公司与实际使用的物流公司不一致，您可以采取以下措施：

1. 与对方核实：首先，您可以与对方核实这个问题，了解到底是不是开错了发票或者是其他原因造成的不一致。通过沟通，您可以更清楚地了解情况，并寻求解决方案。
2. 联系发票开具方：如果对方开错了发票，您可以联系对方要求更正或者重新开具发票。同时，您可以要求对方提供正确的发票或者相关证明文件，以便您的账务处理和税务申报。
3. 核实费用与服务：您可以核实对方提供的服务和实际承运的物流公司的费用是否一致。如果费用不一致，您可以要求对方解释或者调整费用。
4. 寻求法律援助：如果对方不愿意解决问题或者存在恶意行为，您可以寻求法律援助，并通过法律手段解决争议。

需要注意的是，在处理此类问题时，您需要保留相关的证据和资料，如发票、运输单据、合同等，以便随时查证和证明。另外，建议您与专业人士咨询，以便更好地处理此类问题。